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Secuenciación del genoma del coronavirus chileno, uno de los diez proyectos Covid-19 de Guacolda-Leftraru

El supercomputador de la Universidad de Chile ayudará a determinar la procedencia de los genomas del virus presente en distintas ciudades del país.

Por: Sofía Neumann

Publicado: Miércoles 6 de mayo de 2020 a las 04:00 hrs.

Ciencia

Covid-19

salud

Transformación Digital

Guacolda Leftraru, el nuevo supercomputador de la Universidad de Chile que se inauguró en enero de este año, está tomando un rol relevante en el combate del Covid-19 desde la trinchera de los datos. Se está utilizando en diez proyectos enfocados en simulación de escenarios de propagación del virus, simulaciones para identificar fármacos y secuenciación de genomas del virus.

“Casi todos los supercomputadores del mundo están haciendo simulaciones relacionadas a la pandemia. La supercomputación es una herramienta necesaria para acelerar la ciencia y tecnología, es imprescindible para un gran número de disciplinas, como el descubrimiento de fármacos”, explica Ginés Guerrero, director ejecutivo del Laboratorio Nacional de Computación de Alto Rendimiento (NLHPC) de la Universidad de Chile.

Entre los proyectos en los que participa Guacolda-Leftraru, está el del Centro de Regulación del Genoma (CRG), donde investigadores están secuenciando y analizando los genomas del virus para conocer el “linaje” de las cepas del coronavirus en Chile, “ver si se parecen a las de Asia, a las de Europa, etc. Y tener una especie de trazabilidad de los fenómenos de contagio”, explica el director del CRG, Miguel Allende.

El principal aporte de la investigación será observar si una cepa de coronavirus es más virulenta que las demás. Al saber qué cepa tiene el paciente, “se podría privilegiar a aquellos que tengan que tener más cuidado en el tratamiento”, por ejemplo, dar mayor acceso a los ventiladores mecánicos”, afirma Allende.

El supercomputador y el genoma

Los investigadores trabajan con el material genético extraído de las muestras obtenidas por el Instituto de Salud Pública, ADN que secuencian y, tras obtener los datos, se envían al NLHPC.

El supercomputador realiza el ensamble, toma los pedazos y arma el genoma completo, el que luego es comparado con los genomas a nivel global, para conocer el “linaje” y las características del genoma del coronavirus chileno.

“Las secuencias son bien complicadas de trabajar, no lo puede hacer un computador normal. El beneficio es la velocidad y el poder comparar de manera masiva, ya que están apareciendo muchos genomas en todo el mundo. Esto es algo que solo se puede hacer con Guacolda”, explica Allende.

Hasta la fecha han trabajado con 11 genomas chilenos y están prontos a obtener muestras de Antofagasta, Copiapó, de Valparaíso y de hospitales de Santiago. Con este paso, buscan crear un “árbol” de las comunas, lo que permitirá identificar de dónde proviene el virus de ciertas ciudades del país, por ejemplo, si fue contagiado por extranjeros o chilenos, explica Allende.

“Apenas haya 100 muestras, tendremos un mapa completo. Por ejemplo, detectamos que entre los genomas del virus que hay en el extremo sur del país, algunos son idénticos a secuencias europeas, lo que correlacionamos con el turismo, y son muy diferentes a las secuencias del resto de Chile”, señala el académico.

Comenta que están levantando una plataforma web para consolidar la información de los genomas del virus en Chile, para que especialistas y público general puedan visualizarla.

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